Concernant le futur de Prestashop rien n'est écrit mais sachant que :
- la 1.5 était totalement loupé
- la 1.6 a de nombreux bugs que malheureusement les développeurs n'ont jamais pris le temps de corriger.
- Avec la 1.7 aucun thème ou module n'est rétro compatible et pour l'instant les critiques ne sont pas bonnes.
On peut douter de la pérennité de ce CMS qui a des qualités mais malheureusement aussi de gros défauts dont celui d'avoir une communauté beaucoup trop tournée vers le business contrairement à celle de Magento où il y a plus de partage.
Je ne pense pas par contre qu'il soit moins indiqué que Magento pour les gros sites même si c'est vrai qu'on trouve maintenant beaucoup de grandes boutiques sous Magento.
Ni qu'il soit en deçà niveau customisation, je dirai qu'ils ont des possibilités équivalentes.
Pour Magento les modules sont plus qualitatifs que ceux de Prestashop tout comme le CMS en lui même. Par contre ça coute globalement plus cher de faire un site sous Magento car les prestations sont généralement d'un niveau plus élevées (même si dans l'absolu ça peut être kif kif).
La courbe d'apprentissage de Magento (je parle de la 1.9, je ne connais pas la 2+) est un peu plus raide que celle de prestashop.
L'admin des 2 outils à des côtés bordélique, nul n'est parfait. Avec un petit bémol supplémentaire pour magento qui peut être plus compliqué pour l'utilisateur final.
WooCommerce les modules officiels coûtent cher pour le peu qu'ils font et sont parfois liés entre eux donc on se retrouve vite à acheter 2/3 plugins à 200€ pour une seule fonctionnalité ce qui est vraiment l'arnaque. Puis pour avoir testé récemment, le support de leurs modules officiels est médiocre et te fait juste tourner en rond, on s'attend à autre chose vu le prix. WooCommerce est par contre très facile à customiser (niveau connaissance en dév) et encore plus si on connait déjà wordpress. Les templates de base sont pas terrible avec une grille vraiment mal foutue. C'est bien pour les petites boutiques avec peu de logistique derrière ou les débutants qui veulent construire eux même leur e-commerce.
Donc voilà ça dépend beaucoup de la réalisation finale et du budget de chacun. Les connaissances à avoir autour des CMS comme Prestashop, Drupal ou Magento sont très conséquentes donc la solution utilisé variera aussi avec le prestataire (qui dira que son truc qu'il utilise c'est mieux
).