En fait, j'ai du mal à voir concrètement ce que tu veux faire.
L'exemple avec le logo correspond à ton problème, ou pas vraiment ? Vouloir faire apparaître le logo d'un site en dessous du contenu (et placer le contenu en deuxième dans le code) me semble un peu bizarre.
Pour la Search Engine Optimization, j'avoue ne pas être assez calé dans le domaine pour dire si les bénéfices espérés sont réels (je veux bien, d'ailleurs, une source qui démontrerait que c'est le cas, et qui ne se contenterait pas de dire « c'est mieux de faire comme ça »). Mais pour revenir à notre sujet : quel est, très exactement, l'objectif ?
S'il s'agit de placer un menu en fin de code et le contenu (moins de liens internes, plus de texte où l'on retrouvera les mots-clefs du site) en début de code, il me semble que la solution de clb56 tient la route. En gros, on laisse le contenu en positionnement statique (on peut lui donner un margin-top pour ménager un espace pour le menu), on place le menu à la fin, et on positionne le menu en absolu (par rapport à son bloc parent positionné en relatif, par exemple).
De plus, je ne comprends pas quel est le problème avec les bordures. Tu voudrais que les bordures du bloc positionné en absolu repoussent les autres blocs ? Pour être clair, ça n'est tout simplement pas possible, et c'est dû justement au positionnement absolu.