Bonjour,
Il n'y a (il ne peut y avoir) aucun rapport entre les fichiers placés sur un serveur web et une infection de ton ordinateur personnel par un virus/troyen/malware/etc
L'inverse (un virus sur ton ordianteur qui permet d'infecter un de tes sites) est possible, ça m'est arrivé mais dans le sens serveur -> ordinateur personnel non.
Modo ou pas, expert ou pas, personne ici n'a accès à ton ordinateur à part toi et ta famille.
Il n'empêche que d'après la description que tu en fais, tu as bel et bien un problème sérieux avec ton ordinateur perso :
- ça n'a pas de rapport direct avec le thème de ce Forum
- commence par changer tous tes mots de passe ordi (et il est une bonne pratique d'en choisir des difficilement devinables et de ne pas utiliser le même partout genre le même pour ton ordinateur, ton mail, ton serveur, sur les sites, etc)
- demande-toi si ce ne serait pas un logiciel installé dont ce serait la fonction de créer une image disque et un nettoyage automatique trop poussé qui aurait supprimé le contenu d'un dossier. On y pense pas toujours au moment où on les utilise
- nettoie ton ordinateur. Sur PC Antivir, CCleaner, Malware anti-bytes, etc mais je vois dans ton profil que tu as un Mac. Une image disque ça peut être une clef USB ou un logiciel, déconnecte-toi du réseau (wifi et câble Ethernet), éteins, rallume et réessaie ?? Sinon pose la question sur un forum d'utilisateurs Mac : c'est assez peu sensible aux virus ces bêtes-là même si ç'est quand même sensible aux failles de sécurité des logiciels pas à jour et des endroits pas sûrs comme le WiFi public non sécurisée (ça c'est une vraie sal***rie)
- (si c'est le cas mais j'en sais rien, je parle en général

) évite de visiter des sites à risque (téléchargement illégaux, coquins et "trop beaux pour être vrais") et si c'est le cas avec un navigateur type Firefox ou Safari à jour, pas IE.
- quand tu es certain que le nettoyage est fait, rechange tes mots de passe ordi ET change tout ce qui était enregistré sur ton ordi (mots de passe du serveur dans Filezilla, connexion aux bases de données du serveur inscrits dans les fichiers PHP que tu conserves sur ton ordi avant de les envoyer via Filezilla, mots de passe de sites web enregistrés dans le navigateur, comptes MSN, comptes mails, banque, Paypal, etc) ... Il y en a une tripotée
- (si c'est le cas) discute 2 minutes avec toutes les personnes ayant accès à ton ordinateur pour ce qui concerne sites visités, sérieux des mots de passe et informations échangées sur le web
L'antidote c'est donc un nettoyage puis de la prévention à l'avenir