Concernant l'habillage, j'aime beaucoup les deux premiers. Je mettrais plutôt le second par défaut car, s'il est plus simple, il offre une lecture plus confortable (le texte ressort mieux) et il a l'avantage de ne pas avoir une hauteur fixe : donc pas de scroll de la partie principale et surtout pas de centrage vertical par les marges négatives (comme signalé par Carobee, ce centrage peut rendre la partie haute du site inaccessible. Sans parler d'IE mac pour lequel il faut un traitement particulier sinon la moitié du site n'est pas visible.).
Pour le centrage horizontal, il faut mieux éviter d'utiliser la méthode des marges négatives : c'est plus compliqué que le centrage par margin auto et ça n'apporte que des désavantages dont celui, là encore, de pouvoir rendre une partie du site inaccessible. Par exemple, en résolution 800*600, le site passe juste (et encore, il faut que la fenêtre soit en taille maxi). Mais si l'utilisateur a un panneau latéral ouvert, il risque tout simplement de ne plus voir ton menu principal. Idem si un visiteur souhaite utiliser le zoom, il risque très vite d'être confronté à ce problème.
Concernant les menus : l'utilisation de l'attribut title n'est pas toujours pertinent car souvent il ne fait que répéter le texte mis en lien. Idem pour le texte caché dans le menu du haut. Par exemple si je survole le lien "plan du site", il y a à droite le texte "plan du site" qui apparait puis une info bulle qui m'indique "plan du site". Cela sollicite donc deux fois inutilement mon attention.
Sur toutes les pages "contenu" pointe sur le page "introduction". Est-ce volontaire ? Les liens du type "allez au contenu" permettent d'accéder directement à une partie de la page en évitant ce qu'il peut y avoir avant.
Je ne suis pas fan des tabindex qui m'ont plutôt dérangé ici.
Une chose étonnante : les liens dans le contenu ne sont pas du tout identifiables, ni par une couleur ni par souligement ou bordure. Je me suis rendu compte qu'il y en avait (pas mal d'ailleurs) car ils changent de couleur au survol. Mais faut-il passer la souris sur tous les mots pour vérifier s'il n'y a pas un lien. Vraiment pas pratique à mon avis (c'est d'ailleurs la première fois que je vois ça). Ou alors cacher les liens pour l'impression (il serait d'ailleurs pas mal d'ajouter une feuille de style pour cela)
Concernant la sémantique : dans la partie principale tu ne sembles utiliser que les balises <p> et <hn> (d'ailleurs je remarque "haut de page" est dans un <h4>. Pourquoi donc ?). A certains endroits il conviendrait d'utiliser des listes ordonnés ou non, mais à la place tu utilises plusieurs paragraphes (ou tout dans un paragraphe avec des sauts de lignes) avec des numéros ou des caractères pour imiter les puces.
Il y a plusieurs autres balises que tu pourrais utiliser : <blockquote>, <abbr> ou <acronym>, <kbd> etc...
Il y a une DIV vide avec un id "high". Cela sert seulement pour le lien "haut de page". Pourquoi ne pas attribuer cet ID directement au premier H2 ou ne pas utiliser plus classiquement l'élément A ?
Sinon pour cacher le titre du header, il faut mieux éviter
visibility:hidden ou
display:none;. Cf :
Remplacement d'images : halte au display none !
